Давно напрашивается такой вариант действий: взять заведомо исправный генератор, поставить его на машину, и посмотреть результат.
Если не будет моргать, значит старый генератор на помойку.
Если будет моргать, значит дело не в генераторе. Значит, появилась прекрасная возможность получить ещё больше бесценного опыта в мастерстве ремонта машины.
Тут уже говорили про межвитковое замыкание обмоток. Явление довольно распространённое, и крайне сложно определяемое.