Мне кажется что лучше отсоединить обе, чтобы наверняка. Только если у Вас стоит сигнализация с сереной - не забудьте ее временно отключить по ее инструкции, а то без ушей рискуете остаться
Вообще в отсоединении аккумулятора я не вижу такого противозаконного, чтобы так шибко сильно задумываться какую клемму отсоединять.