Кажется я понял, о чем идет речь

Почему-то я сначала подумал о проверке меток при замене ремня ГРМ. Странно думаю, чего человеку не нравится, если совпала одна метка, так и другая должна совпадать, значить ремень стоит правильно

Вы же кожух не снимали, а выставили поршень 1-го цилиндра в ВМТ и смотрели на метки по которым высталяют УОЗ со стробоскопом. По идее, при совпадении всех 3-х меток (включая и ту, которую Вы проверяли) 1-поршень должен находится в 10 гр. до ВМТ.
А у Вас какой движок? Не SMS часом? Там, вроде, действительно все метки должны совпадать при ВМТ 1-го поршня.
С уважением,
Михаил